Nach Studium der Instrumental- und Gesangspädagogik und dem Konzertfachabschluss am Vorarlberger Landeskonservatorium in Feldkirch bei Eva Amsler und Karl-Heinz Schütz führte Anja Nowotny-Baldauf ihr Studium an der Bruckner Universität Linz bei Helmut Trawöger fort. Ein künstlerisches Diplom und ein Aufbaustudium im Studiengang „Solistische Ausbildung“ bei Arife Gülsen Tatu absolvierte sie zusätzlich neben einem Studium für Traversflöte bei Linde Brunmayr-Tutz an der Hochschule für Musik in Trossingen.
Als Querflötistin spielte sie in verschiedenen Orchestern wie dem Symphonieorchester Vorarlberg, Sinfonietta Vorarlberg und dem Sinfonieorchester Liechtenstein. Nebenher tritt Anja Nowotny-Baldauf solistisch auf und ist Preisträgerin von Musikwettbewerben wie ein dritter Preis beim Wettbewerb GRADUS AD PARNASSUM im Jahr 2002.
Sie kann eine rege Kammermusiktätigkeit mit beispielsweise dem ensemble plus, Trio Madera (Flöte, Fagott, Gitarre) und dem Holzbläserquintett „ventus musicus“ nachweisen. Ausserdem hat sie sich bei diversen Meisterkursen weiteres Wissen angeeignet.
An der Musikschule am Hofsteig arbeitet sie als Instrumentalpädagogin, sowie seit dem Wintersemester 2011/2012 als Gastdozentin für Querflöte an der Hochschule für Musik in Trossingen.
Seit Herbst 2014 ist Anja Nowotny-Baldauf Mentorin für Lehrpraxis am Vorarlberger Landeskonservatorium in Feldkirch.