An der Universität Mozarteum Salzburg nahm Nikolaus Pfefferkorn das Studium für die Violine auf. Seit dem Jahr 1986 ist er ebenso als Instrumentallehrer an den Musikschulen Bludenz und im Fürstentum Liechtenstein tätig. Orchestererfahrungen sammelte er in verschiedenen Orchestern wie dem Teatro Massimo Palermo, Symphonieorchester Vorarlberg, Camerata Bregenz, Kammerorchester Arpeggione Hohenems und dem Sinfonieorchester Liechtenstein.
In den Jahren 1994 bis 2005 hatte er die Stelle des Leiters beim Jugendsinfonieorchester Bludenz inne. In gleicher Position arbeitet er seit dem Jahr 2001 beim Städtischen Orchester Bludenz.
Mit einem Kompositionsstudium am Konservatorium Schaffhausen bei Prof. David Angel aus Los Angeles erweiterte Nikolaus Pfefferkorn seinen musikalischen Horizont.